El origen de Banamex se remonta al 2 de junio de 1884, cuando el gobierno del presidente Manuel González autorizó la fusión del Banco Nacional Mexicano, fundado en 1881 con capital franco-mexicano, y el Banco Mercantil Mexicano, establecido en 1882 por inversionistas mexicanos. La nueva entidad recibió el nombre oficial de Banco Nacional de México y asumió funciones de banca comercial y emisión de billetes.
Durante el Porfiriato, Banamex se consolidó como el banco más importante del país. Financió la construcción de ferrocarriles, la industrialización minera y el desarrollo de infraestructura portuaria. La institución sobrevivió la Revolución Mexicana y la crisis bancaria de 1907 gracias a reservas prudentes y una administración conservadora que priorizaba la liquidez sobre la expansión agresiva.
En 1932, tras la creación del Banco de México como banco central, Banamex dejó de emitir billetes pero fortaleció su posición como banco comercial líder. Durante las décadas de 1940 a 1970, participó activamente en el financiamiento del llamado "Milagro Mexicano", canalizando crédito hacia la industria manufacturera, la agricultura y la construcción de vivienda.
La nacionalización bancaria de 1982, decretada por el presidente José López Portillo, convirtió a Banamex en propiedad del Estado mexicano. Durante nueve años operó como entidad pública hasta su reprivatización en 1991, cuando fue adquirido por un grupo de inversionistas encabezado por Roberto Hernández Ramírez y Alfredo Harp Helú.
El capítulo más reciente de transformación se escribió en agosto de 2001, cuando Citigroup adquirió Banamex por aproximadamente 12,500 millones de dólares, la mayor adquisición bancaria en la historia de América Latina hasta ese momento. Esta integración permitió a Banamex acceder a tecnología bancaria de clase mundial, plataformas de comercio exterior y estándares internacionales de gobernanza corporativa y gestión de riesgos.